Het NiME is in 2008 opgericht in opdracht van een aantal besturen in het voortgezet onderwijs en de VO-raad. Deze initiatiefnemers zijn verenigd in de Raad van Oprichters en de Kring van Ondersteuners. Het NiME wordt bestuurd door een directeur-bestuurder die verantwoording aflegt aan de Raad van Toezicht. De directeur-bestuurder wordt ondersteund door een werkorganisatie. Om de kwaliteit van de opleidingen te borgen, is een Kwaliteitsraad in het leven geroepen.